Основополагающими документами двусторонних отношений являются Договор о дружбе, сотрудничестве и партнерстве от 31 мая 1997г. (Большой договор), который 1 октября 2008г. автоматически продлен на последующее десятилетие, и Программа экономического сотрудничества Российской Федерации и Украины на 2008-2010гг. Всего между Россией и Украиной заключено около 200 межгосударственных и межправительственных договоров и соглашений.
Основным механизмом двустороннего сотрудничества является возглавляемая президентами двух стран Российско-Украинская межгосударственная комиссия (второе заседание состоялось 12 февраля 2008г.). Продолжают работу входящие в состав Межгоскомиссии Комитет по вопросам экономического сотрудничества под руководством премьер-министров России и Украины (четвертое заседание прошло 29 апреля 2009г. в Москве). Действует Межпарламентская комиссия по сотрудничеству Федерального Собрания Российской Федерации и Верховной Рады Украины (18 марта 2009г. в Москве проведено ее восьмое заседание).
