Посольство расположено на территории бывшей Российской духовной миссии, созданной в начале ХVIII века при активном участии русских купцов с согласия императора Канси.
История создания в Пекине Российской духовной миссии относится ко второй половине ХVII века, когда в Пекине оказалась группа казаков, захваченных цинскими войсками при взятии крепости Албазин на границе России и Китая. Они поселились в северной части столицы. На этом месте и была создана миссия.
До подписания Тяньцзиньского договора (1858 г.) миссия финансировалась как китайской, так и российской стороной; позже все расходы по ее содержанию были отнесены на счет правительства России.
До открытия постоянного посольства России в 1860 году русская духовная миссия была ее единственным представительством в Китае. За все время существования миссии в ее составе в общей сложности находилось около 100 священнослужителей, более 60 студентов, врачей, художников.
Члены миссии сыграли большую роль в становлении и развитии отечественного китаеведения. В ее стенах работали И.К.Россохин, А.Л.Леонтьев, Иакинф (Бичурин), Паладий (Кафаров) и другие ученые, заложившие основы русского китаеведения. В отличие от католических и протестантских миссионеров русские священники вплоть до 1860 г. не вели активной миссионерской деятельности, поскольку царское правительство опасалось вызвать недовольство цинского двора и лишиться единственного источника информации о Китае.
Духовная миссия закрылась в 1955 г. Ее последний глава отец Виктор способствовал возвращению на родину из Китая большого числа русских людей. После выезда в СССР отец Виктор некоторое время был митрополитом Кубанским и Краснодарским.
На территории посольства многое сохранилось от былых времен. Один из памятников старины - бывшие архиерейские палаты - поддерживаются в хорошем состоянии. В здании библиотеки миссии ныне располагается консульский отдел Посольства.
Посольство занимает территорию 16 гектаров, на которой в 1959 г. по проекту архитектора Андреева (автор проекта здания МГУ в Москве) было построено административное здание Посольства. Здесь же расположены Торговое представительство, школа, жилые дома, клуб со столовой, детский сад, детские игровые площадки, спортивный комплекс (волейбольно-баскетбольная площадка, бассейн, теннисный корт). На территории Посольства разбит большой парк, через который протекает канал. Замерзающий зимой пруд используется как каток.
