С подписанием российско-китайского Пекинского договора (1860 г.) и «Правил сухопутной торговли» (1862 г.) в Монголии, в Урге, было открыто Русское консульство. Прибывших в Ургу членов консульства сопровождали 20 казаков. Казаки как народ набожный не могли обойти вопрос о построении небольшой православной церкви в честь Святой Троицы, непосредственно примыкавшей к зданию российского консульства.
22 марта 1864 г. в церкви Святой Троицы священником из Забайкалья Иоанном Никольским была отслужена первая божественная литургия.
4 сентября 1893 г. решением Священного Синода в консульскую церковь Живоначальной Троицы был назначен настоятелем священник Николай Шастин, который прослужил здесь до 1914 г.
Вторым настоятелем Ургинского прихода был назначен иркутский священник отец Феодор Парняков, погибший в 1921 году во время захвата Монголии белым бароном Унгерном фон Штернбергом.
В 1927 г. храм закрывается.
В декабре 1997 г. здание храма, находившееся на территории российского Торгпредства, было передано в пользование Русской православной церкви. 19 января 1998 г. в Улан-Батор прибыл новоназначенный настоятель Свято-Троицкого прихода в Улан-Баторе протоиерей Анатолий Фесечко, который возглавлял его до июня 2005 г.
С июня 2005 г. настоятелем прихода является священник Алексей Трубач.
* * * *
В настоящее время приход регулярно посещают более 100 православных, проживающих или работающих в Монголии.
В июле 2005 г. начались работы по реконструкции храма, в которых приняли активное участие российские, сербские и частные монгольские компании.
В 2006 г. на территории прихода началось строительство отдельного православного храма в честь Святой Троицы. По архитектурному замыслу - это небольшой храм общей площадью 165 кв.м по типу русских храмов ХV века. За всю историю русского православия в Монголии подобная культовая постройка создана впервые.
Строительство храма, включая внутреннюю отделку, было завершено в марте 2009 г., а 7 марта состоялось малое освящение храма Святой Троицы Московского Патриархата Русской православной церкви. Великое освящение планируется провести 21 июня 2009 г. с участием митрополита Марка.