27 декабря 1991 г. Правительство Японии признало Российскую Федерацию в качестве государства-продолжателя СССР.
В 2003 г. по итогам переговоров Президента Российской Федерации В.В.Путина и Премьер-министра Японии Д.Коидзуми был принят «Российско-японский план действий» - обширный политический документ, в котором намечены основные направления дальнейшей работы по развитию двусторонних отношений. В нем, в частности, предусматривается развитие политического диалога, продолжение переговоров по Мирному договору, сотрудничество на международной арене, торгово-экономическое взаимодействие, развитие связей в правоохранительной и оборонной областях, углубление культурных и гуманитарных обменов. Положения плана в целом успешно реализуются по всем направлениям. Японская сторона также выражает удовлетворение ходом его реализации, за исключением переговоров по Мирному договору.
В апреле 2008 г. состоялся рабочий визит Премьер-министра Японии (в тот период) Я.Фукуды в Россию. Он был принят В.В.Путиным и Д.А.Медведевым. 8 июля 2008 г. «на полях» саммита «группы восьми» в Тояко состоялась отдельная российско-японская встреча на высшем уровне, в ходе которой был согласован график двустороннего политического диалога на вторую половину 2008 г. - начало 2009 г.
22 ноября 2008 г. в Лиме в рамках саммита АТЭС и 18 февраля 2009 г. в Южно-Сахалинске были проведены отдельные беседы Президента России Д.А.Медведева с Премьер-министром Японии Т.Асо, в ходе которых были достигнуты договоренности об осуществлении визита Председателя Правительства Российской Федерации В.В.Путина в Японию в мае 2009 г. и проведении отдельной беседы лидеров в ходе саммита «группы восьми» в Италии в июле 2009 г.
2 апреля с.г. «на полях» саммита «группы 20» в Лондоне состоялась краткая беседа Президента Российской Федерации Д.А.Медведева с Премьер-министром Японии Т.Асо.
В последнее время наблюдается заметная активизация двусторонних торгово-экономических связей. Знаковым событием стало строительство под Санкт-Петербургом автосборочных предприятий «Тойота», «Ниссан» и «Судзуки». В декабре 2007 г. состоялась церемония пуска завода «Тойота», на которой присутствовали В.В.Путин и бывший Премьер-министр Японии Ё.Мори. В июле 2008 г. состоялась церемония начала строительства завода компании «Комацу» в Ярославле.
Продвигается взаимодействие в других практических сферах отношений, в том числе и ранее «закрытых»: развиваются контакты по военной линии, между пограничными и правоохранительными ведомствами России и Японии.
Развиваются контакты в научно-образовательной сфере. В 2009 г в Москве запланировано проведение десятой сессии Межправительственной российско-японской комиссии по научно-техническому сотрудничеству.
В последние годы заметно активизировалось сотрудничество России и Японии на международной арене (урегулирование ситуации на Корейском полуострове, антитеррор, вопросы стратегической стабильности, взаимодействие в ООН и др.).
Вместе с тем, на характере и динамике российско-японских отношений сказывается наличие у Японии военно-политического союза с США и связанное с ним следование Токио линии Вашингтона, в т.ч. - в вопросах связей с Россией. Так, под давлением американцев в связи с событиями на Кавказе в августе 2008 г. японцы отменили либо перенесли ряд мероприятий в рамках «восьмерки», где планировалось участие России. При этом, однако, Токио не пошел на ограничение или свертывание отношений с Россией на двусторонних треках.
Особенностью отношений с Токио является существование в них проблемы заключения мирного договора, который включал бы решение вопроса о пограничном размежевании. Между Россией и Японией ведутся соответствующие переговоры.
Основной проблемой на пути к достижению договоренности является выдвижение Японией необоснованных территориальных претензий на южные Курильские острова (о. Итуруп, о. Кунашир и Малая Курильская гряда). По данному вопросу стороны занимают противоположные позиции.
В то же время, сдерживающее воздействие нерешенности т.н. территориальной проблемы на развитие российско-японских отношений значительно уменьшилось. Это связано, прежде всего, с укреплением международных позиций России и пониманием в Токио необходимости развития российско-японских отношений, включая торгово-экономическое сотрудничество, на фоне поступательного роста экономики России и повышения инвестиционной привлекательности российского рынка.