Родился 1 июня 1958 года в г. Улан-Баторе.
После окончания в Улан-Баторе специализированной школы с преподаванием на русском языке поступил в Литературный институт им. Горького в Москве, который окончил в 1980 году по специальности «литературовед, переводчик».
В 1980-1990 гг. работал редактором, переводчиком, начальником отдела внешних связей, заместителем председателя Союза переводчиков Монголии. Занимался переводами с русского языка на монгольский литературных произведений, в частности, книг Л.Толстого, Н.Гоголя, Ф.Достоевского. Переводил на монгольский язык произведения англоязычных авторов.
С 1990 года - первый заместитель председателя комитета по культуре и искусству Монголии. В это же время начинается его активная политическая деятельность. Н.Энхбаяр создает молодежную фракцию Монгольской народно-революционной партии (МНРП) «Новое поколение» (член партии с 1985 года).
В 1992-1996 гг. - член Великого Государственного Хурала (парламента), министр культуры Монголии. Инициировал принятие парламентом ряда законов, имевших целью сохранение и развитие национальной культуры в сложных условиях перехода Монголии к рыночной экономике.
В 1997-2000 гг. - член Великого Государственного Хурала Монголии второго созыва, руководитель фракции МНРП.
В 1996 году избирается Генеральным секретарем МНРП, в июне 1997 года - Председателем МНРП. По его инициативе была принята новая социал-демократическая программа партии. Благодаря усилиям Н.Энхбаяра МНРП в I998 году подключилась к Социнтерну в качестве наблюдателя, а в 2003 году стала полноправным его членом.
В июле 2000 года Н.Энхбаяр был снова избран в Парламент и на внеочередной сессии 26 июля 2000 года назначен Премьер-министром Монголии.
13 августа 2004 года стал Председателем Великого Государственного Хурала, выборы которого прошли в июне того же года.
22 мая 2005 года избран Президентом Монголии.
Н.Энхбаяр занимается изучением монгольской традиционной культуры и письменности, философией буддизма. Перевел на монгольский язык "Учения Будды", коллекционирует атрибуты буддийской религии.
Жена - О.Цолмон, окончила Московский экономический институт им. Г.В.Плеханова.
В семье четверо детей.
