Россия – ведущий торговый партнёр Киргизии. Объём двусторонней торговли в 2010 г. составил 1378,8 млн долларов, в январе 2011 г. – 71,3 млн долларов (снижение на 16,3% по сравнению с аналогичным периодом 2010 г.), в том числе российский экспорт – 55,6 млн долларов, российский импорт – 15,6 млн долларов. Доля России во внешнеторговом обороте Киргизии – 18%.
Основные товары российского экспорта в Киргизию – нефтепродукты (55%), продовольственные товары, продукция химической промышленности, машины, оборудование, транспортные средства, древесина и целлюлозно-бумажные изделия, металлы и изделия из них. Основные статьи импорта из Киргизии – текстильные изделия, овощи и фрукты.
27 февраля 2010 г. на 11-м заседании межправительственной российско-киргизской комиссии по торгово-экономическому, научно-техническому и гуманитарному сотрудничеству подписана Программа экономического сотрудничества на 2010–2013 годы, утверждён план мероприятий по её реализации, включающий более 60 пунктов по развитию взаимовыгодных связей ведущих отраслей экономики России и Киргизии.
В настоящее время в Киргизии работает 11 крупных предприятий, полностью или частично принадлежащих российскому капиталу, в том числе ОАО «Газпромнефть-Азия», ОАО «Карабалтинский горнорудный комбинат», ОАО «Орловский химико-металлургический завод», ООО «Тянь-Шань-Олово», ОАО ВО «Технопромэкспорт», ООО «Мегаком» и др.
Последовательно развивается взаимодействие между ОАО «Газпром» и Правительством Киргизии в нефтегазовой отрасли. В развитие долгосрочного соглашения о сотрудничестве (май 2003 г.) были подписаны меморандум о намерениях по созданию совместного предприятия для выполнения работ по модернизации и развитию нефтегазового комплекса республики (январь 2006 г.) и соглашение об общих принципах проведения геологического изучения недр на нефтегазоперспективных территориях республики (май 2007 г.). Реализуется план-график осуществления инвестиционного проекта геологоразведочных работ.
В октябре 2008 г. между Правительством КР ОАО «Газпром» подписан меморандум о взаимопонимании по вопросу развития сотрудничества в рамках приватизации госпакета акций ОАО «Кыргызгаз». Готовится проект межправительственного соглашения о сотрудничестве в приватизации указанного пакета акций.
На 1 января 2011 г. общая задолженность Киргизии перед Россией по государственным кредитам составляла 502,7 млн долларов.