Транспортная система России является важнейшей составной частью производственной инфраструктуры, а её развитие – одна из приоритетных задач государственной деятельности. Создание динамично развивающейся, устойчиво функционирующей и сбалансированной национальной транспортной системы является необходимым условием для развития экономики. Роль транспорта ещё более повышается в условиях глобализации мировой экономики, приводящей к значительному увеличению межгосударственных связей.
В целях уточнения приоритетов развития транспортной системы и задач государства в области развития транспорта согласно социально-экономическим условиям Минтрансом России разработана Транспортная стратегия Российской Федерации на период до 2020 года. С 2002 года развитие транспортной системы страны осуществлялось в соответствии с федеральной целевой программой «Модернизация транспортной системы России (2002–2010 годы)». При этом основные усилия были направлены на решение таких проблем, как территориальные и структурные диспропорции, недостаточный уровень качества и доступности транспортных услуг для населения, недостаточное использование транзитного потенциала России. Особое значение в последние годы приобрели вопросы обеспечения транспортной безопасности, а также снижения его нагрузки на окружающую среду.
За последние годы в рамках упомянутой ФЦП было построено и реконструировано более 15 тыс. км автомобильных дорог федерального и регионального значения. В частности, выполнены работы по строительству и реконструкции автомобильных дорог Чита–Хабаровск, М-4 «Дон», М-5 «Урал», М-10 «Россия», транспортного обхода горорда Санкт-Петербурга (восточное полукольцо Кольцевой автомобильной дороги), а также четырёх уникальных внеклассных мостовых переходов. Введено четырёхполосное движение на всём протяжении дороги от города Москвы до города Нижний Новгород.
Значительные усилия были также направлены на развитие и модернизацию авиатранспортной инфраструктуры. Выполнена реконструкция взлётно-посадочных полос в аэропортах Пулково, Красноярск, Хабаровск, Благовещенск, Курган, Чебоксары и замена светосигнального оборудования в аэропортах Пулково, Хабаровск, Барнаул, Курган, Улан-Удэ. Для 53 аэропортов России приобретено оборудование авиационной безопасности.
Активно модернизируется инфраструктура железнодорожного транспорта. Только за последние три года (с 2008 по 2011 год) завершена реконструкция 47 искусственных сооружений, в том числе Большого Новороссийского и Лагар-Аульского тоннелей, мостов через реки Амур, Обь, Дон, Волга. Введены в эксплуатацию новые железнодорожные линии Яйва-Соликамск, Известковая–Чегдомын, электрифицировано более 400 км железнодорожных путей. Открыто скоростное пассажирское железнодорожное сообщение на направлениях Москва–Санкт-Петербург, Москва–Нижний Новгород, Санкт-Петербург–Хельсинки, а также организовано железнодорожное сообщение с аэропортами Московского транспортного узла.
В сфере водного транспорта и портовой инфраструктуры были осуществлены восстановительные и ремонтные работы на 723 гидротехнических сооружениях. Обеспечены условия судоходства на водных путях для завоза грузов в районы Крайнего Севера общей протяжённостью 68 160 км.
В рамках реализации федеральных целевых программ в период 2002–2010 годов построены новые морские порты Усть-Луга (мощностью 31,6 млн т в год), Приморск (специализированные нефтеналивные терминалы мощностью 108,4 млн т в год), Варандей (специализированный нефтеналивной терминал мощностью 12,1 млн т в год), Пригородное (специализированные нефтеналивные терминалы мощностью 19,6 млн т в год), Оля (автопаромный и универсальный терминалы мощностью 1,58 млн т в год), Тамань (мощностью 16,14 млн т в год), а также пассажирский порт Санкт-Петербург (пропусканая способность – 4 млн пассажиров и 700 тыс. легковых автомобилей в год).
Кроме того, осуществлено строительство новых и модернизация специализированных морских терминалов в морских портах Кавказ (введены в строй железнодорожный, автомобильный паромные комплексы), Азов (новый зерновой терминал), Туапсе (нефтяной, зерновой и балкерный терминалы), Новороссийск (зерновой, контейнерный и нефтеналивной терминалы), Калининград (терминал зерновых грузов, нефтеналивной терминал), Санкт-Петербург (модернизированы и расширены контейнерные терминалы), Высоцк (нефтеналивной терминал), Восточный (нефтеналивной терминал в бухте Козьмино), Ванино (угольный терминал в бухте Мучке). До конца 2011 года планируется закончить строительство новых терминалов и складских можностей в портах Новороссийск и Усть-Луга. Помимо этого построены и обновлены пять речных портов, введён в эксплуатацию новый Кочетовский шлюз на реке Дон.
В настоящее время продолжается развитие терминалов в морских портах Сочи (для приёма круизных судов, восстановления морских терминалов для прибрежных морских пассажирских перевозок и грузовой район в устье реки Мзымта), Кавказ (развитие паромного комплекса), Оля (строительство зернового, наливного и контейнерного терминалов), Ростов-на-Дону (строительство универсального морского терминала), Новороссийск (развитие нефтеналивного и контейнерного терминалов), Туапсе (нефтеналивной терминал), Восточный (строительство второй очереди нефтеналивного терминала в бухте Козьмино). Активно идёт развитие грузовых терминалов на Курильских островах.