В соответствии с Распоряжением Правительства Российской Федерации от 02 ноября 2007 года № 1540-р было принято решение изменить вид ГУП «Дирекция аэропортов Республики Саха (Якутия)» (г.Якутск) на федеральное казённое предприятие «Аэропорты Севера». ФКП «Аэропорты Севера» имеет в своём составе 21 филиал: Батагай, Белая Гора, Верхневилюйск, Вилюйск, Нюрба, Саккырыр, Сунтар, Алдан, Усть-Мая, Сангар, Усть-Нера, Мома, Среднеколымск, Депутатский, Нерюнгри, Черский, Олекминск, Хандыга, Усть-Куйга, Чокурдах, Зырянка, а также одно представительство в аэропорту Нижнеянск.
«Аэропорты Севера» обеспечивает перевозки на территории Республики Саха, имущество ФКП находится в федеральной собственности и принадлежит предприятию на праве оперативного управления.
На финансирование ФКП «Аэропорты Севера» в 2007 году было выделено 605 000 тыс. руб.; в 2008 году - 690 600 тыс. руб.; в 2009 году - 769 100 тыс. руб.
В настоящий момент в ФКП «Аэропорты Севера» работает 1650 человек.