Прообразом Центра стал Военно-химический комитет при Русском физико-химическом обществе, а также Опытный завод, созданный в 1916 г. в Петрограде по инициативе Комитета в качестве промежуточного звена между лабораторной стадией и массовым производством химической продукции.
В 1919 г. Военно-химический комитет был преобразован в Институт прикладной химии, на базе которого в 1982 г. создано научно-производственное объединение «Государственный институт прикладной химии» (НПО ГИПХ). В 1992 г. указом Президента России НПО ГИПХ преобразовано в Российский научный центр «Прикладная химия».
В разные годы к работе Института привлекались химические и химико-технологические лаборатории Академии наук, Ленинградского государственного университета, Технологического, Политехнического, Горного институтов, Артиллерийской, Инженерной и Военно-медицинской академий, центральная лаборатория Военного ведомства, научно-техническая лаборатория Морского ведомства. В его стенах работали выдающиеся ученые - академики Н.С.Курнаков, В.Н.Ипатьев, профессора А.Е.Фаворский, В.Е.Тищенко, Л. А.Чугаев, П.П.Федотьев, А.Е.Порай-Кошиц, А. А.Яковкин.
Среди особо значимых достижений Института - разработка под руководством А.А.Яковкина методики переработки глинозема, положившей начало отечественной алюминиевой промышленности, работы профессоров П. Ф. Антипина и А. Ф. Алабышева в области электролиза расплавленных солей, заложившие основы производства металлического магния и натрия, разработанная профессором П.П.Федотьевым технология электролитического получения никеля и кобальта, создание технологии промышленного производства искусственного каучука «Совпрен».
В 30-е г.г. в Институте были выполнены проекты химических производств для Воскресенского, Березниковского, Соликамского, Чернореченского, Невского, Константиновского заводов, которые позволили полностью отказаться от импорта таких химических продуктов, как фосфорный ангидрид и фосфорная кислота, чистые химические реактивы, цианистые соединения, калийные удобрения, глинозем для алюминиевой промышленности, металлический магний и натрий, электрохимический диоксид марганца, хлорпродукты на базе ацетилена (хлоропреновые каучуки) и десятки других продуктов.
Целый ряд направлений, начатых в ГИПХ, вылился в самостоятельные научные и технические проблемы, решение которых было передано вновь организованным специализированным научным институтам - Государственному институту высоких давлений (ГИВД), Всесоюзному научно-исследовательскому институту синтетического каучука (ВНИИСК), Всесоюзному алюминиево-магниевому институту (ВАМИ), Хлорному институту, Институту галургии, институтам Гипроникель, Гипрохим.
В послевоенный период ГИПХ превратился в крупнейший научный центр прикладной химии, где проводятся работы по изысканию, исследованию, созданию и внедрению ракетных топлив. РНЦ «Прикладная химия» и сейчас осуществляет химическое обеспечение всех космических объектов, в том числе космических пилотируемых программ.
Кроме того, по собственным научным и техническим разработкам на Опытном заводе ГИПХ создано производство широкой номенклатуры (около 2000 наименований) препаратов, меченных стабильными и радиоактивными изотопами, обеспечивающих не только потребности страны, но и экспорт в различные страны мира (США, ФРГ, Францию). Широкое развитие получили исследования в области основного органического синтеза.
Коллективом ГИПХ разработаны и созданы промышленные производства ряда продуктов для сельского хозяйства (холинхлорида, хлорхолинхлорида, карбатиона, цинеба, эптама и др.).
