Университет был основан в 1969 году первоначально как Краснодарский институт физической культуры, а в 1994 году он был преобразован в Кубанскую государственную академию физической культуры. Статус университета вуз получил в 2003 году.
У вуза разветвлённая структура: 10 факультетов, 27 кафедр, с 1995 года на его базе действует гуманитарный колледж, а в 2011 году было открыто училище олимпийского резерва. Обучение проходит в магистратуре, аспирантуре и докторантуре, кроме того, работает Научно-исследовательский институт проблем физической культуры и спорта. В вузе есть Центр языковой подготовки.
Филиалы университета действуют в Ростове-на-Дону и Ейске. На его базе функционирует Олимпийская академия Юга России. В штате вуза 276 преподавателей.
За 42 года работы Кубанский государственный университет физической культуры, спорта и туризма подготовил более 22 тыс. специалистов. Его закончили 22 олимпийских чемпиона. За последние пять лет выпускниками стали 11 заслуженных мастеров спорта, 32 мастера международного класса, 124 мастера спорта России, в нём учились 32 чемпиона мира, 23 чемпиона Европы и 63 чемпиона России. В 2010 г. 22 студента университета были включены в состав сборных команд Российской Федерации.
В 2011 г. университет стал победителем в конкурсе учебных заведений на право стать центром привлечения волонтёров для проведения XXII Олимпийских зимних игр в Сочи в 2014 году в категории «Сервис».
