В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 12 мая 2008 г. № 724 «Вопросы системы и структуры федеральных органов исполнительной власти» и от 30 мая 2008 г. № 863 «О Федеральном агентстве по рыболовству» Председатель Правительства России В.В. Путин подписал постановление Правительства Российской Федерации «О Федеральном агентстве по рыболовству», которым также утвердил соответствующее Положение.